由于去年5次降息中，公积金贷款利率下调幅度远远低于商贷利率下调幅度，再加上商贷7折优惠政策的实施，公积金贷款的利差优势明显减弱，但仍低于最优惠的商业贷款利率。据了解，正因为公积金贷款利率低，且只有指定银行才能做，很多城市的开发商针对商业贷款购房给出更多的折扣优惠，所以不少市民购买首套住房也较多选择商业贷款。但是，如果是二次、多次置业，或者购买二手房，公积金贷款的利率优势相当明显，仍旧是市民的。
利率差别
目前住房公积金个人住房抵押贷款年利率5年以下的为3.33%，5年以上的为3.87%。个人住房商业贷款的基准年利率5年以下的平均为5.31%，5年以上的为5.94%；7折优惠利率为5年以下3.72%，5年期以上4.158%。相比之下，即使按照最优惠的商业贷款利率计算，公积金贷款较商业贷款仍有0.387(5年期以下的)和0.288(5年期以上的)个百分点的优势。
利息差别
以20年期、30万元、等额本息还款方式的贷款为例，如果是首次置业，申请到7折优惠利率，商业贷款的还款总额为54.9480万元，公积金贷款的方式还款总额为53.2200万元，相比之下采用公积金贷款可总共节省利息约1.7280万元。如果是第二套房、按照基准利率，商业贷款的还款总额为65.6400万元，公积金贷款的方式还款总额还是53.2200万元，相比之下公积金贷款可省12.4200万元。
月供差别
以20年期、30万元、等额本息还款方式的贷款为例，如果申请到7折优惠贷款，商业贷款的月均还款额为1039.5元，公积金贷款的月均还款额为967.5元，采用公积金贷款每月少还72元；如果是第二套房、按照基准利率，商业贷款的月均还款额为1485元，公积金贷款还是967.5元，那么采用公积金贷款每月月供少517.5元。
额度差别
按照现行政策，商业贷款额度为总房款的80%(首付两成)，一般只适用于首套住房，部分银行对此还有普通住宅与非普通住宅区分。公积金贷款额度没有首次置业与否、是否普通住宅的区别，不过每个城市的额度不一样。2008年底，北京、上海、广州等城市均提高了公积金贷款额度，例如广州从过去个人40万元提高到50万元，夫妻合计贷款额度上限从65万元提高到80万元；3月3日广东省十五条楼市新政后，广州公积金贷款额度再提高至个人70万元、夫妻合计100万元。
其他差别
在提前还贷方面，公积金的自由还款方式基本上可使贷款人随时随地提前还款，商业银行则几乎都不欢迎提前还贷，部分银行对此有收取高额违约金等限制性规定。从二套房贷政策看，无论借款人是否还清首套住房商业贷款，再次商业贷款买房都算二套房贷。住房公积金贷款目前没有“第二套房”的概念，如果套房使用的是商业贷款，用公积金贷款来购买第二套房时不受第二套房贷政策限制；如果套房产使用的是公积金贷款，则需结清公积金贷款才可以再次申请。
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